Secondo la tradizione, la città viene fondata nel 706 a.C. da Falanto, capo di un gruppo di coloni esuli, definiti “Parteni”, espulsi da Sparta dopo la fine delle guerre messeniche. Esistono due versioni sull’origine dei Parteni: secondo una sarebbero i figli disonorati di coloro che non avendo partecipato alla guerra, diventano schiavi; l’altra versione li ritiene i figli dell’unione autorizzata tra le donne spartane e i guerrieri più giovani partiti per la guerra, ma rimandati in patria per scongiurare il rischio di una mancanza di uomini. A Falanto, inviato a consultare l’oracolo di Delfi, il dio preannuncia le lotte contro gli Iapigi e le popolazioni indigene che caratterizzeranno tutta la storia della colonia. Agli inizi del V sec. a.C. risale la conquista della città iapigia di Carbina a cui seguì la dedica dei due donari a Delfi. Tra il 473 e il 467 a.C. le due città alleate Taranto e Reggio subiscono una pesante sconfitta che determina uno stravolgimento degli equilibri interni della città che vede lo stabilirsi di un regime di tipo democratico. Nella seconda metà del V sec. a.C. ottiene un importante successo nello scontro con Thuri per il controllo della Siritide, che culmina nella fondazione di Eraclea sotto il controllo di Taranto. Il IV sec. a.C. costituisce il periodo di maggiore splendore per la città guidata dalla figura del filosofo Archita che per 7 anni consecutivi ricopre la massima carica magistraturale (367-361 a.C.). Alla sua morte viene meno il delicato equilibrio politico che si era creato e la città è costretta a chiedere più volte l’intervento di condottieri stranieri per fronteggiare la minaccia delle popolazioni indigene. La sconfitta subita da Pirro a Benevento nel 275 a.C., segna la fine dell’autonomia di Taranto che l’anno successivo è costretta ad arrendersi a Roma. Tuttavia nel corso della seconda guerra punica, nel 213 a.C., la città si schiera con Annibale. Nel 209 a.C. l’esercito romano abbatte le mura della città, saccheggiandone i tesori e deportando la popolazione. Nel 122 a.C. viene dedotta la colonia latina di Neptunia.

La sovrapposizione della città moderna su quella antica limita molto la conoscenza di quest’ultima. L’articolazione della città e il suo impianto urbanistico sono noti a grandi linee. Si conosce parte delle mura di fortificazione, il sito di alcuni edifici pubblici e sacri, tra i quali un tempio dorico arcaico i cui resti si conservano in piazza castello. Sono note anche alcune aree sacre e le necropoli che hanno restituito ricchissimi corredi che, insieme ai reperti provenienti dai santuari sono esposti nel Museo Archeologico Nazionale.