La città viene fondata verso la fine del VII sec. a.C., su iniziativa di Sibari che invia un gruppo di coloni achei del Peloponneso a occupare il territorio che confinava con Taranto, limitandone così l’espansione. La tradizione antica celebra la prosperità del territorio agricolo di Metaponto e la spiga che compare sulle sue monete, diventa il simbolo della città. Metaponto, alleata di Sibari e Crotone, s’impadronisce di gran parte della Siritide, tuttavia la sua espansione si interrompe quando Crotone sconfigge Sibari nel 510 a.C. Un indicatore del ridimensionamento del ruolo politico della colonia è rappresentato dalla fondazione di Eraclea nel vicino sito dell’antica Siris nel 433/432 a.C. Nel 413 a.C. Metaponto sostiene insieme a Thuri, la spedizione degli Ateniesi in Sicilia. Nella seconda metà del IV sec. la città è impegnata nella lotta contro i Lucani e proprio nel tentativo di fronteggiarli richiede più volte l’intervento dei condottieri greci chiamati dalla Lega Italiota (Alessandro il Molosso e Cleonimo). Dopo la sconfitta di Pirro e la caduta di Taranto nel 272 a.C., Metaponto diventa alleata navale di Roma, ma durante la seconda guerra punica si schiera dalla parte di Annibale che, dopo il 210 a.C., vi stabilisce il suo quartier generale. Le devastazioni della guerra segnano inesorabilmente la fine della colonia greca che diventa prima città federata, poi municipio, restando fiorente ancora nel I sec. a.C. Decaduta in epoca imperiale, la città viene poi  completamente distrutta dagli Arabi.

 L’area della città antica, delle necropoli e del territorio è stata sistematicamente indagata nel seconda metà del XX secolo. Si conosce l’impianto urbanistico, gli spazi pubblici (agorà, teatro) i quartieri abitativi ed artigianali, le aree sacre urbane, le fortificazioni e le necropoli. I reperti sono presentati al pubblico nel Museo Archeologico Nazionale che sorge in prossimità del Parco Archeologico, a circa 3 km dal quale si trova il principale santuario extraurbano delle cd. Tavole Palatine